Профсоюзная организация академии действует на основании «Устава профессионального союза гражданского персонала Сухопутных войск – профсоюза армии России», утвержденного Учредительным съездом профсоюза 19.09.1990 г., зарегистрирован Федеральной регистрационной службой управления по делам политических партий, общественных, религиозных и иных организаций 12 апреля 2006 г.
С 2005 года Председателем профсоюзной организации ВА МТО является Дьяченко Александр Федорович, избранный на профсоюзном собрании академии.
Свою работу с руководством академии профсоюзный комитет строит на основе социального партнерства в сфере труда.
Основными задачами профсоюза являются:
- защищать интересы и права членов профсоюза;
- представлять интересы членов профсоюза при заключении коллективного договора с руководством академии;
- участвовать в урегулировании коллективных трудовых споров;
- оказывать информационно-методическую, консультативную и правовую помощь;
- представлять гражданский персонал к награждению медалью «За трудовую доблесть» и Грамотой Министерства обороны РФ;
- оказывать материальную помощь членам профсоюза;
- организовывать совместно с командованием академии культурно-массовые и оздоровительные мероприятия;
- принимать участие в организации санаторно-курортном лечении взрослых и детей;
- организовывать познавательные экскурсии по городу, области и другим регионам России;
- организовывать новогодние праздники с выдачей подарков для детей членов профсоюза.
Профсоюз старается принимать активное участие в жизни академии.